Connaissez-vous cette histoire ? L’histoire de la Première civilisation ? L’histoire de ceux qui nous ont précédés sur cette Terre ? Ils restent un grand mystère pour nous, tous leurs secrets n’ont pas été découverts, toute leur histoire n’est pas connue, mais nous connaissons le plus important. Ils ressemblent aux humains, mais avec une intelligence plus grande et une espérance de vie supérieure à la nôtre. Nous n’avons pas de vraies preuves concernant leur existence, ils n’existent essentiellement que grâce aux légendes humaines. Leur savoir était énorme, leur évolution surprenante, à tel point qu’ils créèrent une espèce faible, une espèce inférieure : celle des êtres humains. Ces êtres humains n’étaient que des esclaves, contrôlés par les mystérieux Fragments d’Eden, mais ils étaient des hommes, des hommes voulant être libres, voulant vivre sans être les esclaves d’autres. Avec le temps, la guerre était déclarée. Les humains étaient supérieurs en nombre alors que la Première civilisation était supérieure avec sa technologie. Puis vint la catastrophe de Toba qui causa la fin de la première civilisation et le début d’une nouvelle ère : celle des êtres humains. Ce nouveau monde s’inspirait de l’ancien dans sa culture, sa société, pour leur religion.

La troisième croisade, l’Abstergo Industries, le projet Animus, les assassins : quel lien entre tout cela ? L’Abstergo Industries a créé le projet Animus, une machine permettant de lire la mémoire de nos ancêtres à travers l’ADN, permettant de faire revivre leurs souvenirs. Grâce à cette machine, on peut remonter à n’importe quelle époque. Ils vont d’abord remonter au temps des assassins de la Troisième Croisade et à leurs souvenirs : les guerres avec les templiers, mais avant tout pour retrouver des artefacts comme la pomme d’Eden. Les templiers sont quant-à-eux un ordre religieux et militaire. Assassins et templiers se font la guerre depuis des siècles. Mais Minerve et Junon ont laissé des messages à travers le temps, toutes les deux issues de la Première Civilisation, pour mettre en garde les êtres humains, la même catastrophe que celle qui avait touché la Première Civilisation allait se reproduire. En apprenant cela les assassins ont empêché cette catastrophe, mais ils ont, par la même occasion, libéré Junon. Toutes sortes de questions se posent ; que veut-elle ? Que préparent-elles ? Que va-t-il se passer ?